Na primeira fase, as 16 equipes participantes foram dividas em 8 grupos de 2 equipes cada de acordo com o Ranking da CBF de 2023, em jogo único, com mando da equipe melhor ranqueada. Em cada grupo, a equipe vencedora se classifica para a Segunda Fase, com os empates sendo resolvidos em disputa de pênaltis.
A definição dos confrontos foi feita com base nas posições das equipes no Ranking da CBF, em "cruzamento olímpico", do seguinte modo:
Jogo 1 – 1º melhor ranqueado x 16º melhor ranqueado
Jogo 2 – 2º melhor ranqueado x 15º melhor ranqueado
Jogo 3 – 3º melhor ranqueado x 14º melhor ranqueado
Jogo 4 – 4º melhor ranqueado x 13º melhor ranqueado
Jogo 5 – 5º melhor ranqueado x 12º melhor ranqueado
Jogo 6 – 6º melhor ranqueado x 11º melhor ranqueado
Jogo 7 – 7º melhor ranqueado x 10º melhor ranqueado
Jogo 8 – 8º melhor ranqueado x 9º melhor ranqueado
Na segunda fase, as 8 equipes classificadas da primeira fase foram divididas em 4 grupos de 2 equipes cada, com cada uma enfrentando a outra de seu grupo em jogo único, com mando da equipe melhor ranqueada. Em cada grupo, a equipe vencedora se classifica para a Copa do Nordeste propriamente dita, com os empates sendo resolvidos em disputa de pênaltis.
A definição dos confrontos também foi feita com base nas posições das equipes no Ranking da CBF das equipes classificadas, novamente em "cruzamento olímpico", do seguinte modo:
Jogo 9 – 1º melhor ranqueado x 8º melhor ranqueado
Jogo 10 – 2º melhor ranqueado x 7º melhor ranqueado
Jogo 11 – 3º melhor ranqueado x 6º melhor ranqueado
Jogo 12 – 4º melhor ranqueado x 5º melhor ranqueado
