PRIMEIRA FASE
Os 39 clubes estão divididos em dez grupos, nove com quatro clubes
e apenas um com três clubes. Jogam entre si, em turno e returno.
Classificam-se os 2 primeiros de cada grupo para a 2ª fase.
SEGUNDA FASE
Os 20 clubes estão em dez grupos com 2 clubes cada.
Jogam em ida e volta, dentro de cada grupo.
Os vencedores de cada chave passam a terceira fase.
TERCEIRA FASE
Os 10 clubes estão em cinco grupos com 2 clubes cada.
Jogam em ida e volta, dentro de cada grupo.
Classificam-se os vencedores de cada grupo mais os três
melhores perdedores com base na campanha no torneio.
QUARTA FASE
Os 8 clubes estão em 4 grupos com 2 clubes cada.
Jogam em ida e volta, dentro de cada grupo.
Os vencedores de cada chave passam a quinta fase.
QUINTA FASE
Os 4 clubes estão em 2 grupos com 2 clubes cada.
Jogam em ida e volta, dentro de cada grupo.
Os vencedores das semi finais vão a final da Série D.
FASE FINAL
Os dois classificados fazem, em duas partidas, a decisão do título.
Serão promovidos a Série C 2010, os quatro primeiros
colocados, isto é, os clubes que chagarem até a quinta fase.